Na mocy traktatu fuzyjnego określonego jako Merger Treaty, podpisanego w kwietniu 1965roku A obowiązującego od 1967 roku wszystkie trzy Wspólnoty: Europejska Wspólnota Węgla i Stali (EWWiS), Europejska Wspólnota Gospodarcza (EWG), obecnie Wspólnota Europejska (we) oraz Europejska Wspólnota Energii Atomowej (EURATOM), mają wspólne i jednolite instytucje.
Zgodnie z traktatami założycielskimi Wspólnot, a także o Unii Europejskiej, głównymi organami – instytucjami Wspólnot są:
- Rada Europejska,
- Rada Unii Europejskiej,
- Parlament Europejski,
- Komisja Europejska,
- Trybunał Sprawiedliwości,
- Trybunał Obrachunkowy,
- Rzecznik Praw Obywatelskich.
- Rada i Komisja Unii wspierane są (przy podejmowaniu decyzji) przez organy pomocnicze:
- Komitet Konsultacyjny,
- Komitet Ekonomiczno – Społeczny,
- Komitet Regionów, oraz
- Komitet Stałych Przedstawicieli (COREPER).
Bardzo istotne jest następujące wyjaśnienie: Traktat z Maastricht zmienił dotychczasowe nazwy niektórych organów Wspólnot, np. Rady i Komisji na – odpowiednio – Rada Unii i Komisja Europejska. Ponadto pewne organy uzyskały dodatkowe kompetencje. Są to jednak zmiany tylko formalne – ani jedna ani druga z prawnego punktu widzenia nie zmienia statusu tych instytucji jako organów Wspólnot. Unia Europejska jak gdyby je tylko „zapożyczyła” oczywiście rodzi to pewne wątpliwości co do zasadności prawnej. Przykładem tego może być fakt, że 8 listopada 1993 roku w kilka dni po wejściu w życie Traktatu o Unii Europejskiej, Rada na mocy własnej decyzji przyjęła nazwę – Rada Unii Europejskiej – i jest to nazwa obecnie używana. Podobnie postąpiła Komisja, która także na podstawie własnej
decyzji przyjęła nazwę – Komisji Europejskiej.
Źródło: Przedstawicielstwo Komisji Europejskiej w Polsce; Warszawa 1995 r.
Główne organy Wspólnot Europejskich odgrywały kluczową rolę w funkcjonowaniu Unii Europejskiej przed jej przekształceniem w obecny kształt w 2009 roku, po wejściu w życie traktatu lizbońskiego. Jednym z najważniejszych organów była Komisja Europejska, która pełniła funkcję wykonawczą i administracyjną, odpowiedzialną za inicjowanie i wdrażanie polityk UE, monitorowanie przestrzegania prawa wspólnotowego oraz reprezentowanie Unii na arenie międzynarodowej. Komisja składała się z komisarzy, po jednym z każdego państwa członkowskiego, którzy zarządzali określonymi obszarami polityki.
Kolejnym istotnym organem była Rada Ministrów (Rada Unii Europejskiej), pełniąca funkcję decyzyjną i współtworzącą prawo w UE. Rada składała się z przedstawicieli rządów państw członkowskich i miała wpływ na proces legislacyjny, współpracując z Parlamentem Europejskim. Parlament Europejski pełnił funkcję legislacyjną, reprezentując obywateli Unii. Parlament sprawował kontrolę nad Komisją Europejską, zatwierdzał budżet oraz uczestniczył w tworzeniu prawa, współpracując z Radą.
W kwestiach prawnych istotną rolę odgrywał Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej, który zapewniał interpretację prawa UE oraz kontrolował zgodność działań instytucji unijnych z prawem. Rozpatrywał również sprawy dotyczące naruszenia prawa przez państwa członkowskie oraz sprawy między instytucjami UE. Kolejnym ważnym organem był Europejski Trybunał Obrachunkowy, który kontrolował wydatki Unii, dbając o to, by budżet UE był wykorzystywany zgodnie z celami określonymi w traktatach.
Europejski Bank Centralny (EBC), mimo że był bardziej związany z funkcjonowaniem strefy euro, pełnił ważną rolę w polityce monetarnej Unii Europejskiej, zarządzając euro i realizując politykę stóp procentowych oraz stabilności cen. Te organy współpracowały, tworząc fundamenty instytucjonalne Unii Europejskiej, odpowiadając za różne aspekty prawodawstwa, wykonawstwa, sądownictwa oraz kontroli finansowej.
